Голдапа вытекает из озера Голдап (российское название озера — Красное). Далее протекает на запад по территории Роминтенской пущи, через город Голдап, населённый пункт Бане—Мазурске и впадает в Венгорапу (польское название Анграпы) севернее посёлка Будры. Длина реки составляет 89 км.