Первоначально графство Фуа было сеньорией в составе графства Каркассон. В 925 году (по другим данным, в 935 году), благодаря браку Арсинды де Каркассон, дочери и наследницы Акфреда II де Каркассон, сеньория перешла к Арно I, графу де Комменж. Их сын Роже I Старый передал сеньорию своему младшему сыну Бернару Роже, который основал первый дом графов Фуа.
В 1398 году, благодаря браку Изабеллы де Фуа, сестры и наследницы последнего графа Фуа, графство перешло к дому Фуа-Грайи.
В 1472 году графство перешло к Франциску I Фебу, который в 1479 году также унаследовал Наваррский престол, а в 1483 году к его сестре Екатерине. Права Екатерины на графство Фуа были оспорены её дядей Жаном II, который объявил себя графом Фуа. В 1500 году претензии на графство были унаследованы его сыном Гастоном V, герцогом Немурским, который умер в 1512 году не оставив наследников. Его права на графство Фуа, а также на Наваррский престол перешли к его сестре Жермене де Фуа и её мужу Фердинанду II, королю Арагона, однако он претендовал только на Наварру.
В 1589 году, Генрих IV, последний граф Фуа взошёл на французский престол, а в 1607 году графство было присоединено к королевскому домену. Графы Фуа были вассалами графов Каркассона.
В 1589 последний граф Фуа взошёл на Французский престол. В 1607 графство было включено в состав королевского домена.