Село возникло в 1862 году в связи со строительством русского военного укрепления. Укрепление получило название по бывшему аулу Гуниб (с аварского Гуни-меэр — куча камней), который располагался на вершине плато и был разрушен в 1859 году. Укрепление являлось центром Гунибского округа. В 1895 году в нем располагались казармы Самурского полка и Терско-Дагестанской крепостной артиллерии, 29 дворов служащих, торговцев и отставных солдат, православная церковь, почтовая станция[4].
Природная гунибская крепость являлась последним оплотом имама Шамиля, была взята русскими войсками 25 августа 1859 года.
По оценке 1897 года в укреплении проживало 685 человек из которых: русские — 35,9 %, аварцы — 12,3 %, евреи — 4,3 %, кумыки — 2,3 %, татары — 1,3 %[26].
По переписи 2010 года в селе проживал 2271 человек[27]. Моноэтническое (99,1 %) аварское село.[28]