В августе 1916 года Евпаторийской городской управой в ответ на обращение профессора М. И. Ростовцева и члена Императорской археологической комиссии Л. А. Моисеева о необходимости исследования Керкинитиды было принято решение об учреждении в городе «музея для хранения античных находок». Здание управы стало местом хранения коллекции.
История Евпаторийского краеведческого музея начинается с 1 февраля 1921 года, когда штабом 46-й стрелковой дивизии для музея «Искусство старины» было выделено здание, расположенное по Советской улице. С тех пор в доме предпринимателя Юфуды Гелеловича, в одном из оригинальных зданий Евпатории 1912 года постройки, размещается городской музей. Уже 20 июля 1921 года в протоколе заседания секции Охрис отмечалось, что музей может быть открыт для широкой публики, что и произошло через десять дней — 30 июля. Позже музей из «Искусства старины» был преобразован в Археолого-этнографический.
В 1925 году в музее действовало 5 отделов: этнографический, атеистический, археологический, курортный, производственных сил и производственных отношений, а сам музей был реорганизован в Музей краеведения. В 1933 г. окончательно определился профиль музея как краеведческий, но при этом сохранялись живописный и этнографический отделы.
Всего через 15 дней после освобождения Евпатории 1 мая 1944 года, газета «Знамя победы» сообщала, что краеведческий музей возобновил свою деятельность. С середины 1940-х гг. экспозиция всех краеведческих музеев строилась по единой схеме — отдел естественной истории, отдел дореволюционного прошлого и отдел истории советского общества. Живописный и этнографический отделы после войны восстановлены не были.
Начавшаяся в 1979 году капитальная реконструкция здания значительно расширила фондовые и экспозиционные площади музея.
В 1988 году в специально построенном зале открывается диорама «Евпаторийский десант. 5 января 1942 года», созданная по заказу города заслуженным художником РСФСР Владимиром Таутиевым, работающим в Студии военных художников им. М. Б. Грекова.