Село Емцы находится на правом берегу реки Лопань, выше по течению примыкает к сёлам Шелкоплясы и Безруки, ниже по течению в 2-х км — город Дергачи. Вдоль русла реки проведено много ирригационных каналов, рядом проходит железная дорога, станция Безруковка (2 км), в 1,5 км проходит автомобильная дорога Т-2103.