Жёлтый варан является самым мелким членом подрода Empagusia. Достигает максимальной общей длины приблизительно 100 см. Самки и самцы не отличаются по размерам.
Морда короткая, выпуклая, конец её закруглен. Длина морды немного меньше, чем расстояние от переднего края глаза до переднего края уха. Ноздри косые, щелевидные, удлиненные и расположены несколько ближе к кончику морды, чем к глазу. Щитки на голове маленькие, примерно одинаковой величины; срединный ряд надглазничных щитков несколько поперечно расширен. Чешуи на верхней поверхности тела, некрупные, овальные, ребристые. Вокруг середины тела располагаются 84—104 ряда чешуй. Брюшные щитки гладкие, расположены в 65—75 поперечных рядов. Хвостовые чешуи ребристые. Пальцы короткие, длина четвёртого пальца, измеряемая от его пястного сустава до основания когтей, не превышает длины бедра. Зубы почти не сжаты с боков. Как и у капского варана, хвост сравнительно короткий (его длина составляет 120—130 % длины тела от кончика морды до клоаки), несколько сжатый с боков, с низким двойным килем в верхней части.
Окраска этого варана очень изменчива даже среди животных из одной и той же области. Основная окраска жёлтого варана — желтовато-зелёная, оливковая или желтовато-коричневая с более яркими глазками, расположенными на спине в виде поперечных рядов, и неясными тёмными (иногда красными) отметинами, которые обычно сливаются в различные полосы. Височная полоса черноватая. Нижняя поверхность тела желтоватая с расплывчатыми бурыми поперечными полосами, которые в наибольшей степени выражены на горле. В течение сезона муссонов цвета у обоих полов становятся более интенсивными. Молодые животные сверху тёмно-коричневые с жёлтыми пятнами, сливающимися в поперечные полосы, а снизу желтые с тёмно-коричневыми поперечными полосами.
Жёлтый варан — плохо изученный вид. Несмотря на сильное внешнее сходство с капским вараном, среда обитания и поведение этих двух видов отличаются. В течение долгого времени считалось, что жёлтый варан является жителем сухих областей, но это неверно. Теперь выяснилось, что эти животные на самом деле предпочитают жить вблизи от воды. Они часто встречаются в болотистых местностях, как правило, в поймах больших рек (Инд, Ганг и Брахмапутра). Жёлтые вараны иногда встречаются около потоков в предгорьях, но они, вероятно, не приспособлены для жизни в гористых местностях. Хотя песок является преобладающей почвой в большинстве местообитаний, эти вараны не выносят высоких концентраций соли и поэтому отсутствуют в побережьях.
Многие из областей, населяемых жёлтым вараном, подвергаются резким сезонным изменениям. Животные наиболее активны в течение влажного времени года и наименее активны сухой зимой (ноябрь—февраль).