Название деревни связано с её расположением за губой, образованной разливом реки Свирь при впадении в Ладожское озеро.
На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года упоминается Погост Загубской и смежные с ним сёла: Большое Загубье, состоящее из 99 крестьянских дворов и Малое Загубье — из 24[2].
ЗАГУБЬЕ — село принадлежит Казённому ведомству, число жителей по ревизии: 151 м. п., 158 ж. п.
В оном: церковь каменная во имя Рождества Пресвятой Богородицы. (1838 год)[3]
ЗАГУБЬЕ — село Ведомства государственного имущества, по просёлочной дороге, число дворов — 80, число душ — 143. (1856 год)[4]
ЗАГУБЬЕ (ЗАГУБЬЕ БОЛЬШОЕ, ЗАГУБСКИЙ ПОГОСТ) — село казённое при Свирском канале, число дворов — 84, число жителей: 181 м. п., 205 ж. п.;
Церковь православная. (1862 год)[5]
Согласно карте 1863 года село состояло из двух частей: Большое Загубье и Малое Загубье. в селе находились церковь, ветряная мельница и Загубский погост.