В 1849 году под руководством Алексея Бутакова была проведена первая научная экспедиция по описанию Аральского моря, в ходе исследования залив получил имя Паскевича, в честь генерал-фельдмаршала России Ивана Паскевича.
В 1961 году залив переименовали по фамилии поэта Тараса Шевченко, принимавшего участие в экспедиции Бутакова в качестве художника.
В рамках второй фазы проекта «Регулирование русла реки Сырдарьи и сохранение Северного Аральского моря» (2010—2015 гг.), предусматривающей увеличение объёма Северного Арала с 27 км³ до 59 км³ и подъём уровня воды до 46 м над уровнем моря, планируется строительство гидротехнических объектов в заливе Шевченко[1].