Первая монашеская община была организована в 1907 году Архиепископам Дмитрием Абашидзе в городе Верный. Под монастырь был отдан большой участок с примыкающим кладбищем, за которым монахини и ухаживали рядом с Софийским собором.
Здание было выстроено в 1908 году по проекту Я. И. Порошина и художника-архитектора С. К. Тропаревского. Одновременно было начато строительство корпусов монастыря. Назван он был Иверско-Серафимиевским в честь иконы Иверской Божьей Матери (Иверией в старину называлась Грузия), дарованной и привезенной по просьбе архиепископа Дмитрия, Московским Донским монастырем, а также в честь святого Серафима Саровского. Иверская икона с того времени стала считаться покровительницей края.[1]
С сентября 1918 года обитель существовала на положении коммуны, а весной 1921 года монастырь был закрыт. В 1918 году ворвавшимися в монастырь красноармейцами были расстреляны две монахини. Монахиня Евдокия была убита, монахиня Анимаиса (Затыльникова) выжила, но осталась парализованной[2].
В конце 1920-х – начале 1930-х годов на землях, прежде принадлежавших монастырю, организовано Центральное кладбище города[3].
В 2004 году было принято решение о восстановлении монастыря, а 2008 году он был вновь открыт. На территории монастыря расположены часовня Матроны Московской, часовня преподобного Серафима Саровского.[5]
В мае 2004 года останки святителей были торжественно перезахоронены в нововыстроенном склепе, расположенном неподалёку от фундамента разрушенного храма. В октябре 2005 года две памятные плиты с именами архипастырей, Поклонный крест и арка над ним, напоминающая своими очертаниями отверстые Царские врата, были установлены над местом последнего земного пристанища Туркестанских архипастырей.[6]