Институт археологии имени А. Х. Маргулана — государственное учреждение Республики Казахстан, являющееся координирующим центром археологических исследований в стране. Подчинено Министерству науки и образования.
У истоков развития археологии Казахстана стоят выдающиеся востоковеды и историки В. В. Бартольд, В. В. Радлов, П. И. Лерх, а также представители передовой русской интеллигенции. В становлении археологической науки республики велика роль советских археологов М. Е. Массона, С. П. Толстова, А. Н. Бернштама, М. П. Грязнова, С. С. Черникова, П. И. Борисковского, А. П. Окладникова, Л. Р. Кызласова, В. М. Массона.
Как самостоятельное научное направление обществоведения Казахстана археология сформировалась в системе созданной в 1946 году Академии наук Казахской ССР. С 1946 года Отдел археологии в составе Института истории, археологии и этнографии им. Ч. Ч. Валиханова создал свою школу, научную базу, воспитал специалистов, получены материалы, позволяющие поставить и решить принципиальные вопросы древней и средневековой истории Казахстана.
Период, который охватывает довоенное время и заканчивается концом 1960-х годов, характеризовался организацией крупных экспедиций, работами в зоне целинных земель, могильников эпохи бронзы в Центральном Казахстане, сакского могильника Бесшатыр в Жетысу. В это время проводили исследования А. Х. Маргулан, А. Г. Максимова, Е. И. Агеева, Г. И. Пацевич, Т. Н. Сенигова, К. А. Акишев, М. К. Кадырбаев, Х. А. Алпысбаев, Г. А. Кушаев, Ф. Х. Арсланов, В. И. Садомсков, А. М. Оразбаев.
Во второй половине 1960-х — 1980-е годы сложилось новое поколение археологов: Б. Н. Нурмуханбетов, Л. Б. Ерзакович, К. М. Байпаков, С. М. Ахинжанов, М. С. Мерщиев, С. Ж. Жолдасбаев, В. А. Грошев, Ж. К. Таймагамбетов, Ж. К. Курманкулов, А. К. Акишев, З. С. Самашев, Е. А. Смагулов, Т. В. Савельева, А. С. Ермолаева, Ю. А. Мотов, А. А. Макарова, Т. Н. Нурумов; нумизматов: Р. З. Бурнашева, В. Н. Настич.
Постановлением Кабинета министров Казахской ССР № 496 от 28 августа 1991 года и Постановлением Президиума АН КазССР № 73 от 6 сентября 1991 года был создан Институт археологии, которому было присвоено имя выдающегося ученого археолога, историка, этнографа, востоковеда, филолога, академика А. Х. Маргулана.