Институт системного анализа Российской академии наук (ИСА РАН) — научно-исследовательский институт Российской академии наук. Относится к отделению нанотехнологий и информационных технологий. С 2015 года вошёл (с потерей юрлица) в состав Федерального исследовательского центра «Информатика и управление» РАН (ФИЦ ИУ РАН) на базе Института проблем информатики РАН[2].
Всесоюзный научно-исследовательский институт системных исследований (ВНИИСИ) Государственного комитета Совета Министров СССР по науке и технике и Академии наук СССР был создан 4 июня 1976 года для комплексного исследования научно-технических и социально-экономических проблем, имеющих большое народно-хозяйственное значение и носящих междисциплинарный характер исследований. Институт возглавил и бессменно руководил им на протяжении 17 лет академик Д. М. Гвишиани.
На Институт как филиал Международного института прикладного системного анализа (МИПСА) при Римском клубе, были возложены функции головной организации по научно-методическому обеспечению советского участия в деятельности МИПСА. По задумке институт должен был стать советской «фабрикой мысли», аналогом RAND Corporation. В институте не существовало рамок того, что можно было обсуждать, и практически отсутствовала идеологическая цензура. «Институт был тесно вовлечён в процесс выработки решений в области стратегии экономической политики, в том числе в разработку долгосрочных программ развития Советского Союза. В институте была необычная для СССР свобода обсуждения экономической проблематики. На экономическом факультете МГУ представить её было трудно. За ту стилистику научных семинаров, которая была у нас, там бы профессора немедленно уволили с волчьим билетом», — вспоминал работавший там в начале 1980-х годов Егор Гайдар[3].
В 1982 году из состава ВНИИСИ был выделен Всесоюзный научно-исследовательский институт прикладных автоматизированных систем (ВНИИПАС) для организации компьютерной связи ВНИИСИ с австрийской штаб-квартирой МИПСА. Впоследствии на этой базе был создан первый в СССР интернет-провайдер «Совам Телепорт».
В 1992 году Институт получил новое название — Институт системного анализа (ИСА) РАН[4]. В конце 1992 года Институт возглавил академик С. В. Емельянов — выдающийся учёный, основоположник новых направлений в науке управления, лауреат Ленинской и Государственных премий СССР и России. В 2002 г. Институт возглавил член-корреспондент РАН Ю. С. Попков — крупный учёный и организатор российской науки.