С 1330 года поставлен митрополитом Феогностом первым и в своё время единственным московским архимандритом. В то время он был настоятелем Данилова монастыря в Москве и был переведён с братией в учреждённый личный великокняжеский монастырь Спаса на Бору. Существует предание, что именно в Даниловом монастыре учреждена первая в Московском княжестве архимандрития[2], но есть также сведения, что первого московского архимандрита поставили уже после перевода братии в новый монастырь в Кремле[2]. На новом месте он управлял как хозяйством нового монастыря, так и приписанным к этому монастырю хозяйством и собственностью Данилова монастыря. Также при нём монастырь стал действующей Великокняжеской усыпальницей: в 1331 году в стенах собора Спаса на бору была предана земле Великая княгиня Елена — жена Ивана Калиты и мать Симеона Гордого[2][3]. В 1346 году архимандритом монастыря становится Пётр, а Иоанн был хиротонисан во епископа Ростовского.
мужа честна, сказителя книгам, разумна и словесна, и сановита суща, за премногую его добродетель последу епископом Ростовским поставлен бысть и тамо добре упасе порученное ему стадо