Иоганн Эрнст III Саксен-Веймарский (нем. Johann Ernst III von Sachsen-Weimar; 22 июня 1664, Веймар — 10 мая 1707, Веймар) — герцог Саксен-Веймарский.
Иоганн Эрнст III был вторым сыном Иоганна Эрнста II Саксен-Веймарского и Кристины Елизаветы Гольштейн-Зондербургской. После смерти отца в 1683 году он унаследовал герцогство, и стал править им совместно со старшим братом Вильгельмом Эрнстом. Иоганн Эрнст был алкоголиком и не интересовался делами управления, поэтому его брат распоряжался герцогством фактически единолично.
11 октября 1685 года Иоганн Эрнст женился в Цербсте на Софии Августе Ангальт-Цербстской, дочери князя Иоганна VI. У них было пятеро детей:
Через два месяца после смерти первой жены Иоганн Эрнст женился 4 ноября 1694 в Касселе на Шарлотте Доротее Софии Гессен-Гомбургской. У них было четверо детей: