Идея создания навигацких школ на востоке России принадлежала Витусу Берингу, который принимал участие в экспедициях на Камчатку. Навигацкие школы были открыты в Якутске, Охотске, Нерчинске.
В 1745 году вице-губернатор Лоренц Ланг открыл в Иркутске школу геодезии. Учителем в школу был назначен швед И. Брокман. В 1754 году губернатор В. А. Мятлев преобразовал школу в школу навигации и геодезии.
В Иркутск прибыли первые учителя: прапорщик Бритов, а в 1755 году учитель геодезии поручик Юсупов с подмастерьем. Смотрителем школы назначен отставной флотский чин Есипов. В 1755 году из Санкт-Петербургского адмиралтейства отправлен в Иркутск штурман Н. Татаринов. Из Санкт-Петербурга также отправили учебные пособия: арифметики, доски аспидные, карты, теодолиты, циркули и т. д.
Школа несколько раз подвергалась реорганизации и передавалась в ведение различных учреждений. Ежегодное финансирование школы составляло 2223 рубля 36 и ¼ копейки. Школа финансировалась из средств Иркутской губернской канцелярии, с 1783 года школа финансировалась из средств Иркутского наместничества. С 1790 года школа финансировалась из государственных средств.
В 1754 году было набрано 32 ученика, хотя по указу Сената полагалось набрать 50 человек. Возраст учеников колебался от 14 до 76 лет. В школе преподавались: арифметика, черчение, геометрия, тригонометрия, алгебра, география, архитектура, судостроение, мореходство, астрономия, рисование, иностранные языки.
В 1758 году из 32 поступивших, школу окончили 11 человек. Из них пятеро было отправлено в Охотск штурманами и для дальнейшего обучения, а другие в Тобольск геодезистами. До 1768 года школу окончили 192 человека — в среднем по 14 в год. Выпускники дворяне отправлялись на флот, разночинцы — в писаря, геодезисты, штурмана и мастеровые адмиралтейства.