В 1604 году поставлен на новгородскую митрополию. В 1605 году, по смерти Бориса Годунова, он отправлен был вместе с Басмановым к царскому войску, принимать от него присягу на верность Феодору Борисовичу.
1 июня 1606 года венчал на царство Василия Шуйского. Помог Василию Шуйскому заключить выгодный договор со шведским полководцем Делагарди. Когда последний подступил к Новгороду в 1611 году руководил обороной города от шведов.
Исходатайствовал прощение для новгородцев у Михаила Феодоровича за вынужденную клятву, данную шведскому королевичу Карлу-Филиппу.