Согласно действующей Конституции Японии, высшим органом в системе органов исполнительной власти страны является Кабинет министров Японии. Он направляет и координирует работу министерств, других органов исполнительной власти. Кабинет министров возглавляет Премьер-министр Японии.
Согласно Закону Японии об организации государственных органов исполнительной власти от 1948 года, государственным органом исполнительной власти является орган исполнительной власти, пребывающий под контролем Кабинета министров. Государственные органы исполнительной власти делятся на следующие самодостаточные единицы:
Управление и Комитеты являются автономными органами (яп. 外局) в составе министерств или Кабинета министров. Кроме них также существуют особенные органы (яп. 特別の機関).
К органам исполнительной власти Японии, не предусмотренных законом 1948 года, входят Кабинет министров Японии, Кадровая палата Японии, Счётная палата Японии.