История Брунея — события на территории современного Брунея с момента начала расселения там людей и до сегодняшнего дня.
О древней истории Брунея известно немного. Установлено, что в VI веке велась торговля с Китаем и выплачивалась дань. Вероятно, местные правители были вассалами индонезийского государства Шривиджайя. Одним из государств, существовавших на территории современного Брунея, является Пони, упоминаемое в китайских и арабских источниках. В X веке установились тесные торговые отношения с китайскими империей Сун и позже с империей Мин. С XIV века, вероятно, вассал яванской империи Маджапахит. Об этом упоминается в поэме «Нагаракертагама», созданной в XIV веке яванским историком-поэтом Прапанча.
Первым султаном Брунея был Мухаммад Шах, до принятия ислама носивший имя Алак-бер-Тата (правил в 1363—1402 годах). Постепенно влияние государства расширялись, достигнув расцвета в первой половине XVI века. В правление пятого султана Болкияха (1485—1521) Бруней контролировал практически всю территорию Калимантана, острова Сулу и другие у северо-западной оконечности Калимантана. Первыми европейцами, посетившими Бруней в 1521 году, были моряки экспедиции Фердандо Магеллана. Впечатления о Брунее отражены в дневнике участника плавания Антонио Пигафетты.
С XVI века остров Калимантан попал в сферу интересов европейских держав. Особенно враждебными были отношения между Брунеем и Испанией. С 1565 года между флотами двух сторон периодически происходили небольшие столкновения, в 1571 году Испания захватила поселения Майнила и Тондо (современная Манила), в которых ранее значительное влияние имела брунейская аристократия. В султанате несколько раз формировался флот для захвата Манилы, но военные кампании не начинались по различным причинам. В 1578 году испанцы захватили Сулу, затем напали на Бруней (см. Кастильская война), но вскоре были изгнаны.
В самом Брунее в конце XVI века начались внутренняя вражда, привёдшая к разрушению экономических связей, упадку государства и усилению влияния европейцев в регионе. В период с 1660 по 1673 годы в стране проходила гражданская война.
В 1839 году на Калимантан прибыл бывший чиновник английской Ост-Индской компании Джеймс Брук, который за помощь в подавлении мятежа 1840 года получил от султана в 1841 году в управление Саравак на севере острова и титул раджа (т. н. «белый раджа»), основал город Кучинг (административный центр современного штата Саравак). Его племянник Чарльз Брук, второй «белый раджа», расширил подконтрольную ему территорию.