Территория, где ныне расположен Томск, была заселена задолго до основания города, что подтверждается большим количеством археологических находок, к числу которых, в частности, относятся:
Ко времени прихода русских в конце XVI века на землях нынешнего Томска жили сибирские татары и враждующие с ними кочевые народы. Районом устья Ушайки (административный центр нынешнего города) и противоположенной ему территорией на левом берегу Томи владело татарское племя эушта, а южной частью нынешнего города — другое сибирскотарское племя, возглавляемое князем Басандаем, в северной части сегодняшнего Томска обитали телеуты и енисейские кыргызы, а в южную часть томского левобережья, в район Сенной Курьи и Калмацкого озера, на лето пригоняли свои табуны лошадей кочевники из Джунгарского ханства[3][4].
20 января 1604 года в Москву ко двору Бориса Годунова приехало посольство во главе с князем эуштинских татар Тояном с просьбой о принятии их в русское подданство и защиты их от нападений воинственных соседей — енисейских кыргызов и калмыков. В ответ Борисом Годуновым подписана грамота о строительстве города на землях эуштинцев:[8].
25 марта 1604 года Борис Годунов послал казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с заданием основать город на берегу реки Томи, в татарской земле, завести вокруг него государеву пашню и привести в подданство российскому царю окрестные народы[8].