История Уфы начинается с 1574[1][2] (по другим данным — с 1586[3]) года со строительства Уфимского кремля[4]. Основателем крепости и первым городским воеводой является Михаил Нагой. С конца XVI века Уфа использовалась как место политической ссылки. Уфа выдержала много набегов и осад в XVII—XVIII веках, но ни разу не была взята; в том числе, она выдержала четырёхмесячную блокаду и штурмы во время Крестьянской войны 1773—1775 годов.
При эвакуации в Великую Отечественную войну, в Уфу эвакуировали промышленные предприятия, научные и образовательные учреждения, и людей.
Первые случайные археологические находки относятся к XVIII веку. Участники первых экспедиций Петербургской академии наук П. И. Рычков, П. С. Паллас и И. И. Лепёхин упоминали в своих записках о восточных провинциях Российской империи древние курганы, городища и рудники в окрестностях Уфы, называя их «ногайскими», «чудскими». По мнению П. С. Палласа, на месте Уфы ранее находилось большое поселение какого-то исчезнувшего племени[1]. Первые археологические раскопки на территории Уфы относятся ко второй половине XIX века[5].
Также обнаружены другие стоянки, курганы и городища, в том числе, Городище Уфа I, Новиковские, Глумилинские и Ново-Турбаслинские курганы, Уфимские, Черниковское Дудкинские и другие селища.
С предшествующими Уфе поселениями соотносят ряд городищ, такие как Уфа II, площадью около 2 га и находками IV/V-XIV веков, и элитные погребения V—VII веков турбаслинской культуры[3]. С городищем Уфа II ряд исследователей связывают средневековый город, обозначенный как Паскерти (Pascherti) на карте 1337 года братьев Пиццигани[7], в Каталонском атласе 1375 года[8], и позднее также на карте 1554 года Г. Меркатора. Также с городищем отождествляется город Башгирд (Башкорт)[9], упоминаемый арабским автором XIV века Ибн Хальдуном, и другими, среди крупнейших городов Золотой Орды[10]. Французский востоковед А. Кордье связывает положение этого города на карте с местонахождением современной Уфы[6], а западно-европейские картографы XIV—XVI веков помещали его в районе устья реки Уфы[11].
В XVI веке на месте современной Уфы существовала ставка наместника биев Ногайской Орды Имэн-кала («Дубовый город»)[3]. П. И. Рычков, имевший в распоряжении недошедшие до нас рукописные документы по истории Уфимской губернии XV — начала XVI веков и исторические предания башкирского народа, писал, что на территории города Уфы до прихода русских существовал большой город, простиравшийся по высокому берегу реки Белой от устья реки Уфы «вёрст на десять», в котором находилась ставка Тура-хана[12].