В сасанидских источниках его с любовью вспоминают как царя, который интересовался благополучием страны, справедливостью, а также за то, что он не был вспыльчивым, как его дед Йездегерд I, и не следовал отцовской практике охоты, пиршеств и длительных аудиенций. Он заботился о народных массах и организовал армию, за что даже получил прозвище «Друг солдат» (Sipah-dost). Согласно Ибн аль-Балхи и Хамзе Эсфахани, он был известен как Милостивый Йездигерд. В его делах ему помогал его способный вузург фрамадар (великий визирь) Михр-Нарсе, который также служил его отцу и деду.
В начале правления Йездегерда II вновь развернулись масштабные преследования христиан. Йездигерд II ещё более неприязненно относился к инаковерующим, нежели его отец Бахрам V. Преданность Йездгерда II зороастризму ясно упоминается в источниках. Исламские тексты утверждают, что он не принимал участия в индульгенциях своего отца и вёл более стоический образ жизни. Его преследование христиан и евреев наряду с продвижением зороастризма предполагает его приверженность последней вере. Положительный образ Йездгерда II в сасанидских источниках контрастирует с христианскими и еврейскими свидетельствами, которые помнят его правление как период лишений в Сасанидской империи и Армении. Как и прежние гонения, они были связаны с войной против Римской империи и завершились с её окончанием. В последующие несколько лет к христианам в общем относились терпимо, однако затем произошёл какой-то инцидент, резко изменивший ситуацию. Согласно сирийскому повествованию о мучениках из Кархи з-Бет-Слох (Киркука), на восьмом году своего правления (447/448) Йездегерд предпринял поход в «землю Чора» и изгнал из войска христиан. По окончании похода начались преследования. Йездегерд казнил свою сестру, на которой, по зороастрийской традиции, был женат, и многих сановников царства. Восемнадцать тысяч человек были оскоплены. Многие из них умерли, не выдержав операции; остальных определили на службу. Более того, Йездегерд отменил старинный обычай, по которому любой знатный человек имел право в течение первых семи дней каждого месяца пожаловаться царю на злоупотребления.