Казначеи были не только у князей, но и у частных лиц, бояр. В духовных грамотах московских князей казначей упоминается наряду с тиунами домосковской Руси; и те, и другие были рабами-хранителями княжеских прибытков.
При Иоанне III, в связи с учреждением приказов, под именем казначея появляется довольно видный дворовый чин, занимавший место после кравчего и впереди думных дворян. Казначей ведал казённым двором или приказом, а вместе с тем и государевыми доходами, получая разные пошлины (например таможенные) и оброки и сдавая в оброчное содержание разные доходные статьи. Ведомству казначея подлежали также дела о холопстве и ведение книг, в которые записывались акты на холопство (вероятно — в силу того, что существовала особая пошлина с поступления в холопство). Со сбором пошлин соединён был и суд над теми, кто пошлины платил: отсюда широкая судебная компетенция казначея. Суд казначея распространялся и на многие такие случаи, которые не стояли ни в каком отношении к непосредственным функциям казначея.
В XVI веке этому суду подчинялись целые города; Судебник 1550 года причисляет к боярам и окольничим, творившим «суд царя и великого князя», и казначея. Здесь казначеи выступают вообще в качестве доверенных и приближенных к царю лиц. Как доверенные люди, казначеи назначаются вместе с боярами вести переговоры с иностранными послами, как это было, например, в 1494 году.
К середине XVII века, по мере развития приказных учреждений, широкое ведомство казначея сильно сократилось. Доходы переданы были в финансовые приказы разного наименования, холопьи дела — в холопий приказ. В ведении казначея остался лишь казённый двор, денежный доход которого Г. К. Котошихин определяет всего в 3000 рублей, а число подведомых посадских торговых людей — в 500. Казённым двором ведал один казначей, реже двое, а товарищей при нём было трое: два дьяка и печатник; в XVII веке последний вышел из состава казённого двора. На должность казначея обыкновенно назначались люди новые, не родовитые, но она прокладывала дорогу к боярству.