Родился в деревне Полириния в общине (диме) Кисамос в номе Ханья[1]. Отец во время оккупации был казнен немцами, потому Никос вынужден был с раннего детства работать, чтобы помочь матери и младшим сестрам и братьям. Среднее образование получил в церковной школе.
Работая в политическом бюро Ханьи, познакомился с влиятельным греческим издателем и меценатом Христосом Ламбракисом. Последний предложил работать в своей газете «Вима», именно в ней Никос Какаунакис сделал свои первые шаги в журналистике.
Какаунакис активно защищал свою гражданскую позицию, выступая против режима полковников. После падения хунты Какаунакис был уже известным журналистом. В 1986 году выпускал собственную газету. Несколько лет работал на радио FLASH, телеканалах Alter, Mega и Альфа.