Канакер-Зейтун расположен на холме, возвышающемся над центральной частью Еревана, имеет общие границы с районами Аван, Арабкир, Кентрон и Нор-Норк.
До 1933 года в северо-западной части района располагалось село Канакер, которое с вхождением в состав Еревана получило статус отдельного поселка городского типа вплоть до 1961 года.
Многие исторические церкви и памятники в Канакере сильно пострадали во время землетрясения 1679 года. Село играло важную роль во время русской осады Еревана в 1827 году.
В селе Канакер родились многие известные деятели армянской литературы и искусства: историк Закария Канакерци, писатель Хачатур Абовян, музыкант Дживан Гаспарян.
Новый Зейтун был основан в 1946—1948 гг. репатриантами из Ливана, Сирии, Египта, Ирана, Ирака и Греции.
В связи с бурным развитием Еревана Канакер и Нор Зейтун стали частью столицы Армении. После обретения Арменией независимости Канакер и Нор Зейтун были объединены, и вошли в состав Еревана под одним общим названием Канакер-Зейтун.