Основано в начале XIX века, и поначалу называлось «Хохлацким», так как жители его были выходцами из Украины. Но название это за селом не закрепилось, и оно, в конце концов, получило наименование — Карантинное, из-за устраиваемого здесь часто карантина, вследствие бушевавших в Астраханской губернии эпидемий чумы и холеры[1]. В 1859 году в селе Карантинном (Хохлацком) имелось 129 дворов, 1 православная церковь, 1 училище, проживало 345 душ мужского и 330 женского пола[2].
В 1919 году организован Карантиненский сельский совет Карантиненской волости Астраханского уезда Астраханской губернии. С 1925 года — в составе Зацарёвского района Астраханской губернии, с 1928 года — Астраханского района Астраханского округа Нижне-Волжского края, с 1931 года Наримановского района Астраханского межрайона Нижне-Волжского края (с 1934 года — Сталинградского края, с 1937 года — Сталинградской области). В 1944 году включено в состав Приволжского района Астраханской области. В 1960 году включено в состав Астрахани[3]