В 2001 году занял место расформированного ФК «Львов», созданного в 1992 году, в Первой лиге. Место «Карпат-2» заняла новосозданная команда «Карпаты-3», которая 15 июля 2003 года была переименована в «Галичину-Карпаты». В 2004 году «Карпаты» опустились в Первую лигу, поэтому «Карпаты-2» опустился во Вторую лигу, а клуб «Галичина-Карпаты» прекратил своё существование. Во второй лиге «Карпаты-2» играли до сезона 2009/10.
Перед сезоном 2010/11 руководство клуба сняло команду с розыгрыша второй лиги из-за нецелесообразности выступлений в ней, связанной с долгими переездами и малым количеством соперников в группе. Остаток года юные львовяне доигрывали в составе ФК «Пустомыты» в премьер-лиге Львовщины сезона 2010. В сезоне 2011 «Карпаты-2» самостоятельно играли в областном турнире и заняли 5-е место среди 10 команд.
В сезоне 2012 после первого круга команда «Карпаты-2» Львов снялась с соревнований в связи с тем, что с этого сезона стартовал чемпионат Украины U-19 среди команд Премьер-лиги. Игроки были заявлены за команду «Карпаты U-19».