Кистендей — производное от слова татарского происхождения «кистень» — рукоятка с утолщением на конце в виде металлического шара, а на другом конце находился темляк, который надевался на руку. Кистень носили за поясом.
Село выросло из станции Кистендей. Основание Кистендея старожилы относят к 1878—1879 годам. Вначале было всего несколько домов, а когда стали прокладывать железную дорогу (1878—1879 годы), на месте села Кистендей начали вырубать леса.
После аграрной столыпинской реформы, проведенной в 1909 году, многие крестьяне в поисках лучших земель переселялись с одного места на другое. Много переселенцев появилось в Кистендее. Они селились вокруг железной дороги и в окрестных местах.
Железную одноколейную дорогу построили на средства помещиков и купцов, усадьбы которых были расположены близко к железной дороге.
Станция в двух верстах от Бирючьего хутора и по соседству с деревнями: Кругловкой — (в 3 верстах), Беловкой — (в 4 верстах) и селом Малые Сестрёнки (в 4 верстах). Название станция получила от протекающей в двух верстах от неё речки Кистендей. При станции образовался поселок, в котором происходит скупка крестьянского хлеба, подвозимого из окрестных сел и деревень; здесь имеется мукомольная мельница и маслобойный завод М. Я. Иванова. На мельнице вырабатывается исключительно ржаная мука до 450 тысяч пудов в год, а маслобойный завод перерабатывает в год до 200 тысяч пудов подсолнечного семени.
Прилегающая к станции земля принадлежит крестьянскому поземельному банку, который устроил здесь торговые помещения и открыл базар, что должно способствовать образованию торгового центра и повлиять на увеличение подвоза на станцию грузов. Развитию подвоза грузов к станции Кистендей препятствует плохое состояние дорог, пересекающих на своем протяжении большое количество оврагов.