Клуб был основан в 2005 году под названием «Глестум» и начал выступать во Второй лиге. Через два сезона «Глестум» пробился в Первую лигу. 19 августа 2009 года клуб был переименован в «Клайпеду». Вскоре после этого А Лига была расширена с 8 до 11 команд. «Клайпеда», занявшая в Первой лиге пятое место, дававшее право на повышение в классе, успешно прошла лицензирование для выступления в А-лиге и с 2010 года стала её участником. В дебютном сезоне команда заняла восьмое место.