Впервые клан Уэддербёрн упоминается в исторических источниках в документе «Рагманские свитки» 1296 года — Вотье де Уэддербёрн (шотл. — Wautier де Wederburn) вместе с другими вождями шотландских кланов присягнул на верность королю Англии Эдуарду I Плантагенету[2]. В то время клан Уэддербёрн владел землями в Берикшире[2]. Позже клан Уэддербёрн и его вождь Джон де Уэддербёрн упоминается в 1364 году. Потом упоминается Уильям де Уэддербёрн, живший где-то в 1426—1452 годах[2]. В то время клан владел землями Уэддербёрн и замком Уэддербёрн, но затем и те земли, и замок были потеряны кланом[2].
После упадка клан Уэддербёрн переселился в шотландское пограничье — земли, которые граничили с Англией и находились в состоянии постоянной войны с Англией: осуществлялись постоянные рейды с обеих сторон с целью грабежа[2]. Клан Уэддербёрн поселился в землях Форфаршира. В XV веке существовали 4 разных септа клана Уэддербёрн, которые жили в Данди, Кингенни в Форфаре[2].
В Данди жил Джеймс Уэддербёрн[2]. У него было трое сыновей: Джеймс (1495—1553), Джон (1505—1556) и Роберт (1510—1555), которые были одними из первых шотландских протестантов-реформаторов[2]. Они объединились для защиты протестантской веры от католиков. О них в свое время были написаны баллады «Гайде и Годли», которые были известны как Уэддербёрнские псалмы[2].
Потомком старшего брата Джеймса был Джеймс Уэддербёрн (1585—1639), епископ Данблейн с 1636 года. Он вместе с архиепископом Кентерберийским Уильямом Лодом внедрил новую литургию в церкви Шотландии. Но он был лишен сана и изгнан из Шотландии в 1638 году[2]. Он ушел в отставку, жил в Кентербери, был похоронен в Кентерберийском соборе[2].
Третий брат — Роберт Уэддербёрн имел внука Александра Уэддербёрна (ум. 1585), который был клерком в Данди в 1557—1582 годах[2]. Его сын Александр Уэддербёрн из Кингенни (1561—1626) был фаворитом шотландского короля Якова VI Стюарта[2]. Он сопровождал короля в Англию в 1603 году, когда Яков VI стал королем Англии, Шотландии и Ирландии. И когда Александр Уэддербёрн из Кингенни возвращался обратно в Шотландию, он получил от короля подарок — перстень с руки его величества[2]. Эта линия — Уэддербёрн из Кингенни по прямой мужской линии угасла в 1761 году, после смерти Дэвида Уэддербёрна из Кингенни. Титул унаследовали вожди клана Скримжур, которые стали именоваться Скримжур-Уэддербёрн[2].
У Джеймса Уэддербёрна (1589—1627), брата Дэвида, был сын Александр Уэддербёрн, который владел замком Блэкнесс[2]. Александр Уэддербёрн (1610—1675) был одним из уполномоченных по заключению Рипонского перемирия (шотл. — Ripon) в 1641 году[2].