Родился 30 марта 1938 года в Харькове, во время войны жил с родителями в Перми, после войны — в Москве. Окончил Московскую среднюю художественную школу при институте им. Сурикова и оформительское отделение Московского полиграфического института. Как книжный график оформил более 40 книг, также работал на студии «Диафильм». В конце 1970-х годов после нервного срыва тяжело заболел; умер в Москве 25 мая 1986 году.
Ещё в школе помимо занятий живописью и графикой начал пробовать себя в литературе, писал стихи и прозу. В 1959 г. два стихотворения Ковенацкого были опубликованы в журнале «Юность», позже стихи распространялись в самиздате. Публикация в 1973 г. нескольких стихотворений в ФРГ привела к увольнению Ковенацкого со студии «Диафильм». Кроме стихов писал песни, также имевшие хождение в «магнитофониздате».
Стихи и станковая графика Владимира Ковенацкого, продолжавшие в своеобразно трансформированном виде традиции символизма, тесно связаны с его увлечением эзотерикой. Ковенацкий был близким другом Юрия Мамлеева и Евгения Головина, входил в «секту сексуальных мистиков», серьёзно интересовался учением Георгия Гурджиева.
2020 — Лауреат «Georgievich Award. Heaven 49». Награждён орденом «С Благодарностью от Человечества!» за особые заслуги.