Село Козубы находится на правом берегу реки Кобелячка, выше по течению на расстоянии в 2 км расположено село Малый Кобелячек, ниже по течению на расстоянии в 1,5 км расположено село Сулимы.Река в этом месте пересыхает, на ней сделана запруда.