Деревня Колмогорово впервые упоминается в переписи 1691 года как заимка посадского ремесленника, кузнеца Ивана Колмогорова и названа по фамилии первого поселенца. Относилась по административному делению к Анциферовской волости Енисейского уезда, все селения которой располагались вниз по Енисею на протяжении 390 верст. Колмогорово обосновалось на левой стороне реки, где берег Енисея пологий, песчаный с отмелями и лугами. Население волости, в том числе и Колмогорово, состояло в основном из государственных крестьян и ссыльнопоселенцев. Хлебопашество было развито слабо из-за плохой почвы и сурового климата; огородные культуры жители выращивали для собственного потребления. Частыми были неурожаи. Основная часть жителей покупала хлеб в Енисейске или с плотов, которые перевозили его по Енисею в село Назимовское для оптовых поставщиков хлеба золотопромышленными компаниями. Жили звериным и рыболовным промыслом. Зимой занимались также извозом.
По данным за 1911 год в селе была церковь, называлась она Никольской и являлась приписной к Богородице-Казанской церкви села Назимовского. Медицинского заведения в селе не было, лечились в Назимовской сельской лечебнице. В Колмогорово тогда насчитывалось 32 двора, число душ на 1 января 1911 года состояло из 126 мужчин и 115 женщин. Колмогорово относилось наряду с Пономарево, Остятской и Савиной к Пономаревскому сельскому обществу, на эти села избирался один староста. С 1 января 1911 года по приговору сельского общества на должность старосты был избран крестьянин деревни Колмогоровой Никанор Михайлович Хромых, «неграмотный, под судом и следствием не состоял и не состоит, относить означенную должность может без ущерба и разорения своего хозяйства». Начало XX века для села было таким же тяжелым, как и для всей Российской империи. Революционные события, стихийные бедствия ухудшали положение населения. Налоги и подати жители волости платить не хотели, что объяснялось неурожаем хлеба, а также пропагандой ссыльных, высланных в уезд за участие в беспорядках. Кроме того, Анциферовская волость была одним из мест ссылки поляков. В селе Колмогорово проживали люди с фамилиями Якубовский, Карпинский.