Красная книга Республики Марий Эл — официальный документ, содержащий свод сведений о состоянии и необходимых мерах охраны и восстановления редких, находящихся под угрозой исчезновения и нуждающихся в особой охране животных, растений и грибов Республики Марий Эл.
В первую часть Красной книги Республики Марий Эл, вышедшую в 1997 году, были включены сведения о 107 видах сосудистых растений. Во вторую часть, вышедшую в 2002 году, были включены сведения о 123 видов животных (из них млекопитающих — 23, птиц — 57, земноводных — 2, круглоротых — 1, рыб — 9, ракообразных — 2, насекомых — 29).
В 2007 году вышел том Красной книги Республики Марий Эл «Грибы, лишайники, мхи», в которой впервые описаны редкие и исчезающие виды моховидных (44 вида), лишайников (51 вид), а также виды грибов (12 видов), произрастающих на территории республики.
В 2013 году был издан том Красной книги Республики Марий Эл «Растения. Грибы». В него включено 133 вида покрытосеменных растений, папоротниковидных — 11 видов, плауновидных — 4 вида, мохообразных — 56 видов, водорослей — 3 вида, грибов — 13 видов, лишайников — 58 видов.
В 2015 году вышел том «Животные». В книге приводятся сведения о 201 виде животных: млекопитающих (20 видов), птицах (71 вид), пресмыкающихся (1 вид), земноводных (2 вида), круглоротых (1 вид), рыбах (11 видов), насекомых (84 вида), паукообразных (2 вида), ракообразных (3 вида), пиявках (2 вида), ресничных червях (2 вида), двустворчатых моллюсках (1 вид), брюхоногих моллюсках (1 вид).
В 2023 году был переиздан том Красной книги Республики Марий Эл «Растения. Грибы». В него включено 285 видов растений и грибов, включая 3 вида водорослей, 54 вида мохообразных, 6 видов плаунов, 11 видов папоротников, 140 видов покрытосеменных растений, 53 вида лишайников, 18 видов грибов.[1]