История создания команды относится к 1999 году. Юношеская сборная региона «Кавказ», состоявшая из футболистов Краснодарского края, республик Адыгеи и Дагестана, готовились к чемпионату России по футболу среди юношей 1984 года рождения. Команду возглавили председатель краевой федерации футбола Г. К. Безбогин и главный тренер А. Ф. Поскотин, финансировал А. Б. Молдованов. В итоге команда стала чемпионом России.
В 2000 году команда, получившая название «Центр-Р-Кавказ», выигрывает региональный турнир лучших команд региона «Кавказ», становится серебряным призёром Первенства России среди КФК и завоёвывает право выступать во втором дивизионе российского чемпионата.
В конце 2000 года в структуре «Центр-Р-Кавказ» был создан футбольный клуб «Краснодар-2000», президентом которого стал А. Б. Молдованов. Команду возглавил Николай Южанин.
Первый официальный матч команда провела 24 марта 2001 года[1] в розыгрыше Кубка России сезона-2001/2002.
Команде принадлежат два российских рекорда, которые она установила в матче с «Локомотив-Тайм» (Минеральные Воды). Соперник был побеждён со счётом 16:1, а лидер нападения «Краснодар-2000» Игорь Киселёв забил 10 мячей.
В феврале 2011 года генеральный директор клуба Александр Молдованов сообщил, что команда не будет играть во Втором дивизионе[2], а имевшие контракты футболисты будут трудоустроены в «Кавказтрансгаз-2005» из Рыздвяного[3].