Кубок Интертото 2006 — первый розыгрыш Кубка Интертото, прошедший после глобального изменения формата. Вместо пяти раундов проводилось только три, а 11 победителей третьего раунда получили право участвовать во втором квалификационном раунде Кубка УЕФА.
1Несмотря на то, что Сербия и Черногория — разные страны, УЕФА на сезон 2006/2007 года считает клубы обеих стран представителями Сербии и Черногории.
2Матч проходил в Белграде, Сербия, поскольку стадион в Голубовци не соответствует стандартам УЕФА.
3Матч проходил в Герцлии из-за несоответствия стандартам УЕФА стадиона в Петах-Тикве.
вг — Победитель определён по количеству забитых на выезде голов.
1После консультаций с УЕФА 6 июня 2006 года итальянский клуб Палермо был отозван Федерацией футбола Италии. Из-за скандала в серии А федерация на тот момент не могла точно определить местоположение команд в турнирной таблице чемпионата Италии 2005/2006, и поэтому вместо итальянского клуба в кубке принял участие французский клуб Осер.
вг — Победитель определён по количеству забитых на выезде голов.