Кубок УЕФА 2008/09 — 38-й розыгрыш клубного европейского турнира. Это был последний турнир под таким названием и в таком формате, со следующего розыгрыша турнир сменила Лига Европы УЕФА.
Финальный матч состоялся 20 мая 2009 год и собрал на стадионе «Шюкрю Сараджоглу» в Стамбуле, в присутствии 50 500 зрителей. Победителем стал донецкий «Шахтёр», обыгравший в дополнительное время бременский «Вердер».
В розыгрыше Кубка УЕФА 2008-09 участвовали 157 команд из 53 ассоциаций УЕФА. В соответствии с местом в таблице коэффициентов по состоянию на конец еврокубкового сезона 2006/07[1] от каждой ассоциации в турнире принимает участие определённое количество команд:
Так как победитель Кубка УЕФА 2007/08 «Зенит» квалифицировался в Лигу чемпионов, место обладателя кубка в данном розыгрыше не было использовано. Из-за этого в сетке старта участников в турнире произошли следующие изменения:[2]
На данной стадии к участникам присоединяются 16 команд, проигравших в третьем квалификационном раунде Лиги чемпионов.
Согласно регламенту, на этой стадии: победители группового раунда Кубка УЕФА встречаются с командами, занявшими третьи места; команды, занявшие вторые места в групповом турнире Кубка УЕФА, встречаются с командами, занявшими третьи места в групповом раунде Лиги чемпионов; команды, занявшие первые и вторые места в групповом турнире Кубка УЕФА, первые матчи играют на выезде. При жеребьёвке клубы из одной страны на стадии 1/16 финала были разведены.