Зачёт Кубка наций Кубка мира по биатлону 2016/17 рассчитывается по результатам индивидуальных гонок, спринтерских гонок и эстафет.
На основании окончательных результатов зачета Кубка наций в Кубке мира по биатлону 2016/17 будут определены квоты на участие спортсменов в Кубке мира по биатлону 2017/18.
Курсивом выделены очки за гонки, после которых национальная сборная являлась лидером зачёта Кубка наций.
В индивидуальных и спринтерских гонках в зачёт идут результаты 3 лучших спортсменов от страны. Например, в случае, если спортсмены одной страны займут все 3 призовых места в гонке, страна получит в зачёт Кубка наций 462 (160 + 154 + 148) очка.