В 1984 году становится вузом первой категории[1]. В 1985 году награждён Орденом Трудового Красного Знамени[1]. В 1994 году институту присвоен статус университета[1].
В 2008 году в КГМУ обучалось 3093 студента очной формы обучения, 761 заочной[2]. Число преподавателей в 2008 году составило 625, из них 119 доцентов и 64 профессора[2]. В 2007 году вуз находился на 25—29 позиции в рейтинге медицинских вузов Минобразования России[2].
С 2010 года в КГМУ основан факультет «Среднего профессионального образования» (СПО), обучение направлено на подготовку специалистов среднего класса (фельдшера, зубные техники). Обучение ведётся вместе со студентами высшего образования, с теми же преподавателями и на том же учебном оборудовании с прохождением учебной практики в тех же больницах и поликлиниках. Две кафедры детских болезней КГМУ работают в областной детской больнице.