Ладанский Покровский монастырь был основан в 1600 году одновременно с Густынским. Сначала он был мужским и назывался Подгорным.
Основателем его был монах Евфимий — один из трёх монахов, которые вышли из Киевского Межигорского монастыря и пошли распространять православную христианскую веру по Руси. Старший из монахов — Иоасаф — остановился на Густинском острове у Прилук и стал основателем Густинского монастыря, а третий монах Геннадий — на горе между Ладанов и Полонка вырыл пещеру наподобие лаврских и остался в ней жить монахом-одиночкой. Пещера эта — архитектурный памятник начала XVII века с фресками в глубине — сохранилась до наших дней, но находится в аварийном состоянии и нуждается в реставрации и сохранении.
Все земли Левобережья, в том числе и Прилуччина, в те времена принадлежали богатому Литовскому магнату князю Михаилу Вишневецкому.
В 1619 году тридцатилетняя вдова Раина Вишневецкая, уже будучи смертельно больной, перед своей кончиной оставила завещание, которым подтвердила права монастыря на владение селом Ладан, а также почвами и угодьями.
В этом же году (18 января) епископ Исаия Копинский, управляющий храмами и монастырями Вишневецких на Левобережье, добился в Раины Вишневецкой разрешения реорганизовать обитель из мужской в женскую с целью, чтобы игуменьей в ней была его сестра Александра.
В 1735 году обитель полностью уничтожил пожар. В то время в ней были: три храма, колокольня, хозяйственные застройки и оборонительные укрепления. Обитель уже называлась «Покровская». После этого пожара монастырь возродился быстро — уже через 5 лет в ней было три церкви и полный штат служащих.