В армии Ламберт служил под началом Фэйрфакса и вскоре выделился как способный офицер. В начале гражданской войны он встал на сторону парламента и помогал Кромвелю покорять Шотландию (1648—1651). Он способствовал возведению Кромвеля в сан протектора, но когда парламент предложил Кромвелю корону, Ламберт возражал сильнее всех.
Когда, после смерти Кромвеля, его сын Ричард, занявший пост лорда-протектора, стал опираться не на военную элиту, а на парламент, Ламберт, от имени взбунтовавшейся армии, выступил против Ричарда. После добровольной отставки Ричарда Кромвеля (1659 год) парламент назначил Ламберта вторым начальником армии. Он был за военную республику, но отступил перед армией Монка, двигавшейся из Шотландии.
После реставрации Стюартов Ламберт был обвинён в государственной измене (1662), но указом короля Карла II смертный приговор ему был заменён тюремным заключением. Ламберт скончался в 1683 году в плимутской тюрьме.