В 1990-х годах Магнитогорский металлургический комбинат переставал финансировать команду[1], затем стал курировать клуб. В 2000-х годах клуб перешёл в ведение города, а с 2017 года металлургический комбинат вновь стал оказывать клубу спонсорскую поддержку наряду с финансированием из городского бюджета[2].
В первенстве СССР участвовал в 1948—1949 и 1958—1991 годах: во второй группе, классе «Б», второй группе класса «А» и второй лиге. Высшее достижение в классе «Б» — 3-е место в 1959 году в зоне 6, во второй лиге — 2-е место в 1983 году в зоне 2[3]. В 1974 году команда выиграла Кубок РСФСР[4].
В первенстве России в 1992—1993 годах выступал в первой лиге, а в 1994—2005 годах — во второй лиге/втором дивизионе (с перерывом в 2004 году, когда играл в любительском первенстве России). Перед сезоном 1998 года объединился с командой третьей лиги «Метизник» (Магнитогорск), образовав команду «Металлург-Метизник» (тем не менее, в 1998 году команда носила то же название, что и в 1997 году — «Магнитка»)[4]. Высшее достижение в первой лиге — 15-е место в центральной зоне в 1992 году, во втором дивизионе — 6-е место в зоне «Урал» в в 1999 году[5].
В любительском первенстве России в зоне «Урал и Западная Сибирь» в 2006 и 2021 годах занимал 1-е место, в 2004 и 2017 — 2-е, в 2020 году — 3-е место.
Победитель Кубка РСФСР среди команд 2-й зоны второй лиги (1985). Обладатель Кубка Урала (2004, 2018), финалист - 2019 и 2023 г. Обладатель Суперкубка Урала и Западной Сибири (2019). Победитель финального турнира Кубка России среди любительских команд (2020)[6].