В 1378 году (14 мая) выдана замуж за Жана III, графа д’Арманьяк, который после свадьбы объявил себя графом Комменжа. У них родилось двое детей, две дочери:
В 1391 году Жан III д’Арманьяк умер. Его брат Бернар VII, чтобы не упускать из своих рук графство Комменж, хотел жениться на Маргарите. Но она вышла замуж (1392) за его родственника, который был намного моложе невесты — Жана д’Арманьяка (1381—1402), сына Жеро д’Арманьяка - виконта Фезансаге и графа де Пардиак.
В 1402 году Бернар VII заточил Жеро д’Арманьяка, Жана д’Арманьяка, а потом и его жену в темницу, захватив их владения. Жан умер (или был убит), а Маргарита освободилась только в 1418 году, после смерти деверя. По одной из версий, Жан д’Арманьяк оказался в плену по наущению жены, и уже после его смерти она сама была посажена под замок.
В 1419 году Маргарита де Комменж вышла замуж в третий раз — за Матьё де Фуа, который был на 15 лет моложе её. Тот принял титул графа де Комменж, а жену заточил в замке Брамевак, где она провела 22 года. Свой поступок он объяснил тем, что опасается за свою жизнь, обвинив жену в убийстве второго мужа.
В 1441 году 70-летняя графиня была освобождена по требованию короля, после чего отписала ему все свои владения. Несмотря на это, Матьё де Фуа продолжал править Комменжем до своей смерти.
В Санкт-Петербурге в Пассаже предлагается гравюра, на которой якобы изображена графиня Маргарита де Комменж[4]. Однако по французским данным, на этой гравюре XVIII века изображена другая Маргарита де Комменж — жена Арно II де Дюрфора[5].