В основе названия таджикское «Марғ» — «луг, лужайка, поляна» «зеленая трава», «зеленая низменность») и древнеиранского суффикса «Лон» («местность»). При слиянии этих 2-х слов получается «Марғилон» — «зеленая местность»[2].
Существует легенда о появлении названия города, связанная с нашествием Александра Македонского. Местные жители, узнав о намерении Александра посетить их город, приготовили для него красную дорожку. Один из старейшин города предложил встретить гостя курицей и хлебом. После застолья Александр Македонский спросил, как называется блюдо. Ему ответили: «Мурджинон», что означает «курица и хлеб». На обратном пути он снова попробовал это блюдо, а потом назвал это место «Мурджинон». С тех пор город носит название Маргилан. [1] [3]
Маргилан является одним из древних городов Ферганской долины. В 1994—2004 годах в городе работали сотрудники института археологии Узбекистана, выявившие существование орошаемого земледелия в Маргиланском оазисе со времени не позднее IV—III веков до н.э.
Поселение возникло во II—I веках до н.э., когда одна из дорог Великого шёлкового пути пролегла через Фергану[4]. В источниках поселение известно с IX века[5]. Название Маргилан известно с Х века. И мазар стал называться в честь Пошшо Искандара Зулькарнайна (в местном произношении — Зуль-кайнар) — царя Александра Двурогого[6][7].
Среднеазиатский, узбекский и советский путешественник, писатель, переводчик-полиглот, историк и джадидист Исхокхон Ибрат (настоящее имя — Исхокхон Тура Джунайдулло-ходжа оглы) в своей исторической книге «История Ферганы» («Тарихи Фаргона») 1916 года[8] относит Маргилан к древним городам Ферганы.
Время основания и название города автор связывает с переселенцами из Персии и датирует 833 годом, т.е. IX веком. Согласно археологическим исследованиям, в Маргилане с IX века широко распространилось ремесленничество. Другая версия о происхождении названия города «Маргилон», образованного на месте нескольких поселений прибывшими сюда жителями Гилянской долины, которые у себя на родине занимались шелководством, возможно, более правдоподобна.[9].