Клуб был создан директором автотранспортного объединения[1][неавторитетный источник] Нугзаром Навадзе, позже — депутатом, являвшимся президентом клуба[2].
В сезонах 1991/92 и 1992/93 команда играла в первой лиге (в сезоне-1991/92[англ.] заняла 10-е, в сезоне-92/93[англ.] — последнее 16-е место). В июле 1993 года «Мерани» объединилась с тбилисской командой «Бачо» в «Мерани Бачо» Тбилиси (в дальнейшем на её основе был возрождён тбилисский «Локомотив»), а имевшаяся вторая команда клуба «Мерани» («Мерани-91») получила статус главной команды. В сезонах 1993/94[англ.] и 1994/95[англ.] «Мерани-91» (также как и «Мерани Бачо») играла в первой лиге.
Команда «Мерани-91» победила в турнире первой лиги в сезоне-1995/96[англ.]. Заняв в дебютном в высшей лиге сезоне-1996/97 4-е место[3], команда заявилась в Кубок Интертото. В своей группе «Мерани-91» заняла 2-е место вслед за московским «Торпедо», набрав 6 очков в 4 матчах и обойдя австрийский «Рид» и греческий «Ираклис» по дополнительным показателям[4]. В сезоне-1997/98 команда «Мерани-91» в Кубке Грузии начинала борьбу со стадии 1/8 финала[англ.][5][значимость факта?], а во время матча 10-го тура чемпионата против «Динамо» (Батуми) болельщики напали на судью. В результате этого происшествия домашний стадион команды был дисквалифицирован, команда лишена 5 очков, ряд игроков также получили дисквалификации[6]. Успехи команды в тот период связывались с её президентом, депутатом Нугзаром Навадзе[3].
В начале 2000-х годов команду тренировал известный в прошлом футболист, вратарь сборной СССР Отар Габелия[7][8]. В сезоне-2000/01 команда была вовлечена в серьёзный скандал: за договорной матч с «Колхети-1913» «Мерани» оштрафовали на 5 тыс. лари, лишили трёх очков и засчитали техническое поражение 0:3[9]. У команды появились финансовые затруднения, возникали задолженности по заработной плате игрокам[8].