Фабрицио Микколи родился в городе Нардо, однако его детство прошло в Сан-Донато ди Лечче. Он начал свою карьеру выступая за молодёжный состав «Милана». Позже, из-за тоски по родному дому, он покинул ряды «россонери» и попробовал устроиться в «Лечче», но там его не взяли из-за слишком маленького роста[4]. В возрасте 16-ти лет он пришёл в клуб «Казарано», а через год дебютировал в основе команды, выступавшей в серии С1. В свой первый сезон в новом клубе Микколи забил 8 голов. В 1998 году Фабрицио перешёл в стан «Тернаны». Там он выступал 3 сезона, забив 32 гола, из которых 15 мячей в последнем сезоне в клубе.
Летом 2002 года Микколи перешёл в «Ювентус», заплативший за трансфер форварда 7,5 млн евро. После чего сразу был отдан в аренду в клуб «Перуджа», в составе которого дебютировал в серии А, забив 9 голов чемпионате и 5 в Кубке Италии, где стал лучшим бомбардиром первенства. Вернувшись в «Юве», Микколи провёл хороший сезон, регулярно выходя на замену и подменяя игроков, которые отдыхали после травм и выступления клуба в Лиге чемпионов, где Микколи также забил 1 гол, поразив ворота «Олимпиакоса».
Однако завоевать место в составе «Старой Синьоры» Микколи так и не смог[5][6], и в августе 2004 года он перешёл в «Фиорентину», которая заплатила 7 млн евро за 50 % прав на футболиста[7]. В составе «фиалок» Микколи провёл 35 матчей и забил 12 голов, последний в ворота «Брешии», чем помог клубу «не вылететь» в серию В. По окончании сезона «Фиорентина» и «Ювентус» провели аукцион, в котором решалась дальнейшее продолжение карьеры Микколи. В нём «Ювентус» победил, предложив 6,7 млн евро за трёх игроков, Мареску, Кьеллини и Микколи, что на 1,5 млн больше, чем могли предложить «фиалки», несмотря на то, что Микколи хотел остаться в «Фиорентине»[8]. Сам Микколи назвал возвращение в «Ювентус» «трагедией»[9], а также сделал несколько заявлений, возмутивших болельщиков «Старой Синьоры»[10].
В 2005 году Микколи был отдан в аренду в португальский клуб «Бенфика», за 900 тыс. евро[7]. В составе лиссабонского клуба он выступал в Лиге чемпионов, где забил 2 гола, один из которых ударом «ножницами» в ворота «Ливерпуля», выведший его клуб в 1/4 финала соревнования. Летом 2006 года арендное соглашение было продлено за 250 тыс. евро[11]. В новом сезоне он забил 10 голов в 22-х матчах чемпионата Португалии, став одним из любимых игроков у болельщиков клуба[12]. Португальский период карьеры Микколи также характеризовался многочисленными проблемами со здоровьем игрока. Доходило до того, что Фабрицио хотел бросить футбол, и только поддержка жены помогла ему продолжить карьеру[13].