Микробиота кишечника — микроорганизмы, которые живут в желудочно-кишечном тракте в симбиозе с носителем.
Кишечник человека содержит в среднем около 50 триллионов микроорганизмов, что примерно в 1,3 раза больше, чем суммарное количество клеток в организме[1][2]. Бактерии составляют подавляющее большинство микробиоты в прямой кишке[3] и до 60 % сухой массы фекалий[4]. Где-то между 300[5] и 1000[6] различных видов живут в кишечнике, по большинству оценок порядка 500[7][8]. Однако, вероятно, что 99 % бактерий относятся к 30—40 видам[9]. Дрожжи также составляют часть микробиоты кишечника, но об их активности известно мало.
Исследования показывают, что отношения между кишечником и микробиотой не являются просто комменсализмом (то есть безвредным сосуществованием), но скорее формой мутуализма, то есть взаимовыгодными отношениями[6]. Хотя люди могут выжить и без микробиоты кишечника[7], микроорганизмы выполняют для хозяина ряд полезных функций, например, анаэробное пищеварение неиспользованного материала для обеспечения себя энергией, тренировка иммунной системы и предотвращение роста вредных видов[4]. Однако микробиота кишечника не всегда исключительно полезна: считается, что некоторые микроорганизмы в определённых случаях могут вызывать болезни. Также она способна производить биотрансформацию лекарственных препаратов и оказывать воздействие на экспрессию генов человека, регулирующих метаболизм, вызывая нежелательные побочные эффекты[10].
Бифидо- и лактобактерии имеют выраженную антагонистическую активность в отношении патогенных бактерий и регулируют количественный и качественный состав кишечной микробиоты в норме, задерживают рост и размножение в нём патогенных и условно-патогенных микробов.
Кишечные сапрофиты, по сравнению с патогенными бактериями, содержат большое количество ферментов, размножаются более активно, поэтому легче утилизируют питательные вещества и кислород. Они производят разнообразные бактерицидные и бактериостатические вещества, в том числе антибиотикоподобные.
В желудке в норме за счёт кислой среды количество микробов незначительно (лактобациллы, стрептококки, сарцины). Двенадцатиперстная кишка и проксимальный отдел тонкой кишки у здоровых людей стерильные за счёт наличия в них агрессивных пищеварительных ферментов. В дистальной части тонкой кишки в 1 мл содержимого насчитывается 107−108 микробов, в равном количестве аэробных и анаэробных. В 1 мл содержимого дистального отдела толстой кишки находится 109−1012 микробов около 400 видов. Наибольшая плотность обсемененности наблюдается в прямой кишке. Микрофауна кала является фактически микрофауной дистального отдела толстой кишки.