Образовано согласно Манифесту об учреждении министерств Российской империи 8 (20) сентября 1802 года на основе Юстиц-коллегии, окончательное устройство определено в 1811 году. При учреждении должности министра юстиции в 1802 году ему было предписано на первое время руководствоваться инструкцией генерал-прокурора. В 1803 году был образован департамент Министра юстиции, и в том же году ему была подчинена комиссия составления законов, остававшаяся в его ведении до образования государственного совета. Министру юстиции вверено было наблюдение за правильностью действий всех судебных мест в империи, за исключением духовных, военных и морских.
С должностью министра юстиции было соединено звание генерал-прокурора Сената. На министре юстиции лежали прокурорские обязанности при верховном уголовном суде. В Министерстве юстиции были сосредоточены дела по назначению, передвижению и увольнению всех лиц судебного ведомства.
С введением в 1864 году Судебных уставов, министр юстиции получил новые обязанности в качестве главного начальника преобразованной прокуратуры. С 1870 года с Министерством юстиции было слито управление межевой частью. С введением положения о земских участковых начальниках, сосредоточившего многие функции как судебного управления, так и чисто судебные в ведомстве Министерства внутренних дел, круг ведомства министерства юстиции значительно сузился, но, с другой стороны, он был расширен законом от 13 декабря 1895 года, которым главное тюремное управление было выделено из состава министерства внутренних дел и присоединено к министерству юстиции с присвоением министру юстиции звания президента общества попечительного о тюрьмах.
В ведении Министерства юстиции состояли Императорское училище правоведения, Константиновский межевой институт и землемерные училища.
В 1895 году из Министерства внутренних дел в Министерство юстиции было передано Главное тюремное управление[1].
С 1896 году на содержание центрального аппарата Министерства юстиции отпускалось 312 750 руб. в год.