Все католические миссионеры, последовавшие за Франсиско Писарро, стремились уничтожить записи о древних инкских верованиях и культуре. Многие древние легенды сохранились среди коренного населения Перу, некоторая информация об инкской мифологии дошла из записей самих католических миссионеров — в основном, это произведения (в хронологическом порядке):
Большинство остальных авторов лишь заимствовали одни и те же истории, разведанные этими историками и миссионерами, часто путая и меняя как действующих лиц, так и место и время действия легенд и мифов. Практически все легенды содержат историческое зерно, но установить времена и эпоху по ним крайне непросто, так как миссионеры нечасто вдавались в глубокий анализ, но при этом изрядно добавляли христианское видение.
Основной характеристикой мифологии инков служит её эклектичность, то есть сочетание и наслоение верований и мифов различных культур южноамериканского континента, существовавших как до инков, так и одновременно с ними, что создаёт немалые трудности для определения того, к какому времени и народу в действительности относится та или иная легенда. В большинстве случаев такие легенды уходят корнями в далёкое прошлое. Основным субстратом, хоть и не главным, считается мифология народа кечуа, издавна живших в горной местности от северного Перу до южных пределов города Куско. Также мифология инков вобрала в себя мифологию таких древних смежных культур: мочика (юнки), чиму, уари, паракас, наска, чачапояс, чанки, аймара, пукина и многие другие. Незаконченный результат смешения всех этих мифологий и можно считать мифологией инков.
Пантеон инков достаточно многообразен, у некоторых богов повторяются обязанности. Это объясняется политикой инков в отношении завоёванных ими народов: они никогда не стремились запретить иные верования и богов, а наоборот, включали их в свой пантеон.
Важную роль у инков играли скалы и горы, многие из которых считались святыми. Эти места назывались «уака». Бернабе Кобо насчитал около 350 таких «уака», стоящих на топографических линиях секе, только в окрестностях Куско. Мачу Пикчу, например, одна из таких уака, но относящихся уже к топографии Империи.
Многие из природных объектов считались «уака», то есть святыми. Уака могли быть скалами, камнями, пещерами, холмами, утёсами, домами и ручьями, а также мумиями. Особую роль играли мумии правителей, поскольку в них была кровь Инти. Многие из инкских «уака» почитаются коренными народами Перу до сих пор.