Мифология сериала «Секретные материалы», также известная среди фанатов просто как мифология — основная сюжетная линия телесериала «Секретные материалы». Главными героями сериала являются агенты ФБР Фокс Малдер — талантливый сыщик, твёрдо верящий во всё сверхъестественное, и Дана Скалли — врач по образованию и скептик по натуре. Малдер и Скалли работают в отделе ФБР «Секретные материалы» и занимаются загадочными делами, связанными с паранормальными явлениями[1]. В главной сюжетной линии, проходящей сквозной темой через весь сериал, агенты раскрывают тайный заговор секретной правительственной организации — Синдиката, скрывающего присутствие на Земле представителей агрессивной инопланетной цивилизации и свою связь с ними. Главный антагонист сериала — властный и безжалостный убийца по кличке Курильщик, самый активный член Синдиката[англ.].
Эпизоды сериала «Секретные материалы» делятся на два вида. Часть из них относятся к основной сюжетной линии — мифологии, которая на протяжении всех сезонов идёт к своему логическому завершению и повествует о том, как Малдер и Скалли пытаются раскрыть тайный заговор Синдиката с пришельцами. Подавляющее большинство других серий «Секретных материалов», которые также называют «монстрами недели», рассказывают об отдельных расследованиях Малдера и Скалли, в основном не связанных с «мифологией». Тем не менее, некоторые «монстры недели» косвенно связаны с сюжетными линиями «мифологии», помогая более подробно раскрыть историю заговоров и интриг внутри ФБР и правительства США, личную жизнь главных героев и второстепенных персонажей, и пр.
Специальный агент ФБР Дана Скалли получает назначение в отдел «Секретные материалы» — архив таинственных дел, связанных с паранормальными и необъяснимыми явлениями. Ей предстоит работать совместно с агентом Фоксом Малдером, проявляющим специфический интерес ко всякого рода загадочным делам. Скалли поручено собрать подробную информацию о деятельности агента Малдера и «Секретных материалов», которая позволила бы высокому начальству закрыть этот сомнительный проект. Работая совместно с агентом Малдером, первоначально скептически настроенная к его энтузиазму Скалли начинает проникаться значимостью «Секретных материалов». Между агентами устанавливается прочная дружеская связь.