В микенскую эпоху столица Мессении находилась в Пилосе у западного побережья, после же дорийского вторжения — восточнее, в городе Мессена. В мифологической традиции же эти царства представлены существовавшими одновременно. Родословная потомков Периера (Мессена) и родословная потомков Нелея (Пилос) никак не соприкасаются и основаны на различных линиях традиции. Потомки Нелея, сына Посейдона (Нелеиды и их ветви) удалились в Афины, где сыграли в дальнейшем значительную политическую роль.
В пилосском архиве упоминаются следующие идентифицируемые города: pu-ro (Пилос), ku-pa-ri-so (Кипарисс), a-pi-ke-ne-a (Амфигенея), pa-ki-ja (Сфагия), e-re-e (Элос/Гелос), ri-jo (Рион), ka-ra-do-ro (Харадр), re-u-ko-to-ro (Левктрон), me-ta-pa (Метапа в Мессении[1]), a-si-ja-ti-ja (Асия в Мессении)[2].