Деревня расположена на юго-западе острова под названием ГУСМП[2], в дельте Колымы, напротив острова Михайловский.
Деревня расположена примерно на полпути между селом Амбарчик и появившейся в 1940-х годах деревни Край Леса которая, как и Михалкино, служила местами перевалки товаров, переправлявшихся по реке.
В 7 км к северо-западу от Михалкино находилась тропосферная радиорелейная станция 16/103 «Хрусталь», которая обслуживалась воинской частью 46140.
На юго-западе располагается станция «Янтарь» (село Лабуя), расстояние до которой 369 км, на востоке находится станция «Гранат» (посёлок Северный), до которой 408 км.